Die Dauerausstellung „1961 | 1989. Die Berliner Mauer“ in der Gedenkstätte Berliner Mauer widmet sich im Dokumentationszentrum der Gedenkstätte in der Bernauer Straße der Geschichte der Berliner Mauer von der Teilung der Stadt bis zur Wiedervereinigung.
Fragen im Mittelpunkt der multimedialen Ausstellung sind: Wie kam es zum Mauerbau? Wieso stand die Mauer solange? Warum fiel sie 1989? Veranschaulicht werden die historischen Ereignisse mit zahlreichen Objekten, biografischen Dokumenten und Medien.
Seit dem 25-jährigen Jubiläum zum Fall der Mauer im Jahr 2014 ist auch eine erweiterte Außenausstellung geöffnet im ehemaligen Grenzstreifen in der Bernauer Straße. Außerdem befindet sich auf dem Gelände der Gedenkstätte auch die Kapelle der Versöhnung, in welcher regelmäßig Andachten für die Maueropfer abgehalten werden.